Jangkitan mungkin disebabkan oleh bakteria, virus, kulat dan parasit. Patogen yang menyebabkan penyakit ini mungkin eksogen (diperolehi daripada sumber luaran; alam sekitar, haiwan atau orang lain seperti influenza) atau endogen (daripada flora normal seperti kandidiasis).[23]

Tapak di mana mikrob memasuki badan dirujuk sebagai portal kemasukan.[24] Ini termasuk saluran pernafasan, saluran gastrousus, saluran genitourinari, kulit dan membran mukus.[25] Portal kemasukan mikrob tertentu biasanya bergantung pada cara ia bergerak dari habitat semula jadi ke perumah.[24]

Terdapat pelbagai cara penyakit boleh disebarkan antara individu. Ini termasuk:[24]

• Sentuhan langsung - Menyentuh perumah yang dijangkiti, termasuk hubungan seksual
• Sentuhan tidak langsung - Menyentuh permukaan yang tercemar
• Sentuhan titisan - Batuk atau bersin
• Laluan tahi-mulut - Menelan makanan atau sumber air yang tercemar
• Melalui udara - Spora pembawa patogen
• Transmisi vektor - Organisma yang tidak menyebabkan penyakit itu sendiri tetapi menghantar jangkitan dengan menghantar patogen dari satu perumah kepada perumah yang lain
• Transmisi fomit - Objek atau bahan tidak bernyawa yang mampu membawa kuman atau parasit berjangkit
• Alam sekitar - Jangkitan yang diperoleh di hospital (jangkitan nosokomial)

Seperti patogen lain, virus menggunakan kaedah penghantaran ini untuk memasuki badan, tetapi virus berbeza kerana ia juga mesti masuk ke dalam sel sebenar hos. Sebaik sahaja virus telah mendapat akses kepada sel hos, bahan genetik virus (RNA atau DNA) mesti diperkenalkan ke dalam sel. Replikasi antara virus sangat berbeza dan bergantung pada jenis gen yang terlibat di dalamnya. Kebanyakan virus DNA berkumpul dalam nukleus manakala kebanyakan virus RNA berkembang semata-mata dalam sitoplasma.[26][27]

Mekanisme jangkitan, percambahan, dan pengekalan virus dalam sel perumah adalah penting bagi kemandiriannya. Sebagai contoh, sesetengah penyakit seperti campak menggunakan strategi di mana ia mesti merebak ke beberapa siri perumah. Dalam bentuk jangkitan virus ini, penyakit ini selalunya dirawat oleh tindak balas imun badan sendiri, dan oleh itu, virus diperlukan untuk merebak ke perumah baru sebelum ia dimusnahkan oleh rintangan imunologi atau kematian perumah.[28] Sebaliknya, beberapa agen berjangkit seperti virus leukemia kucing mampu menahan tindak balas imun, dan mampu mencapai kediaman jangka panjang dalam hos individu, di samping mengekalkan keupayaan untuk merebak ke hos berturut-turut.[29]